中國科學(xué)院昆明分院（簡(jiǎn)稱(chēng)昆明分院）是中國科學(xué)院的派出機構，負責協(xié)助院黨組領(lǐng)導和指導中國科學(xué)院在云南省和貴州省的研究所工作，是連接院機關(guān)和研究所的橋梁紐帶，區域科技管理和服務(wù)的中心。昆明分院前身是中國科學(xué)院成立于1957年的中國科學(xué)院昆明辦事處，1958年擴建為中國科學(xué)院云南分院。1962年，中國科學(xué)院云南分院與四川分院、貴州分院合并后，在成都成立中國科學(xué)院西南分院。1978年10月，經(jīng)國務(wù)院批準，西南分院撤銷(xiāo)，成立中國科學(xué)院昆明分院。

　　昆明分院現有5家研究機構：中國科學(xué)院昆明植物研究所、中國科學(xué)院昆明動(dòng)物研究所、中國科學(xué)院西雙版納熱帶植物園、中國科學(xué)院地球化學(xué)研究所、中國科學(xué)院云南天文臺。 

　　昆明分院建有4個(gè)國家重點(diǎn)實(shí)驗室，8個(gè)院重點(diǎn)實(shí)驗室，19個(gè)地方重點(diǎn)實(shí)驗室，9個(gè)工程中心，2個(gè)大科學(xué)設施：中國西南野生生物種質(zhì)資源庫和模式動(dòng)物表型與遺傳研究國家重大科技基礎設施（靈長(cháng)類(lèi)設施）；建有探月工程地面應用系統40米射電望遠鏡、亞洲最大口徑的2.4米通用光學(xué)望遠鏡、亞洲最大的地面太陽(yáng)觀(guān)測基地-撫仙湖一米太陽(yáng)塔、西雙版納萬(wàn)種植物園、昆明動(dòng)物博物館、國家昆明高等級生物安全靈長(cháng)類(lèi)實(shí)驗中心/生物安全三級實(shí)驗室、中國科學(xué)院生物安全大科學(xué)研究中心（昆明分部）、國家非人靈長(cháng)類(lèi)實(shí)驗動(dòng)物資源庫、中國科學(xué)院昆明生物多樣性大型儀器區域中心，國家級（省級）野外臺站等重大科研平臺，擁有一批先進(jìn)的大型科研儀器設備和完善的計算機網(wǎng)絡(luò )系統及生物多樣性信息系統。    

　　截至2023年，昆明分院系統共有在職職工2363人（包含所屬單位人員），其中科技人員1637人，包括中國科學(xué)院院士9人，發(fā)展中國家科學(xué)院院士2人，正高級專(zhuān)業(yè)技術(shù)人員319人，副高級專(zhuān)業(yè)技術(shù)人員376人。    

　　昆明分院機關(guān)內設綜合辦公室、黨建工作處（紀檢辦公室）、人事人才處、科技合作處、審計與財務(wù)處等五個(gè)部門(mén)。